Sự kiện Iva bị bắt vì tội phản bội Tổ quốc được báo chí thông tin rộng rãi cho công chúng. Nhưng bản thân Iva chưa bao giờ được thông báo lý do tại sao cô lại bị bắt giam.
Để tìm kiếm “Bông hồng Tokyo”, phóng viên Brundidge đã đưa ra mức thưởng trị giá 250 USD cho bất kỳ người nào có thể giúp anh ta liên lạc với “Bông hồng Tokyo” và 2.000 USD cho chính “Bông hồng Tokyo” để thực hiện một buổi phỏng vấn riêng. Và Leslie Nakashima, một người Mỹ gốc Nhật Bản làm việc ở Đài Phát thanh Tokyo, đã cung cấp cho họ tên của Iva Toguri.
Về phía Iva, sau khi nhận được thông tin đó, cô nhận thấy đây là cơ hội kiếm một món tiền kếch xù nên Iva đã đăng ký trả lời phỏng vấn Brundidge. Tuy nhiên, Tổng biên tập tạp chí Cosmopolitan, nơi Brundidge làm việc đã từ chối trả 2.000 USD và cũng không cho đăng câu chuyện về “Bông hồng Tokyo”. Như vậy, có nghĩa là Brundidge sẽ phải tự móc hầu bao của mình để trả cho Iva, trừ khi anh ta đơn phương phá hợp đồng này.
Để trốn tránh nghĩa vụ thanh toán khoản tiền phỏng vấn cho Iva, Brundidge đã chuyển 17 trang ghi chép cuộc phỏng vấn Iva cho Trưởng phòng phản gián của quân đoàn 8, Chuẩn tướng Elliot Thorpe, và hối thúc ông bắt giam Iva Toguri: “Cô ta là kẻ phản quốc và đây là lời thú nhận của cô ta”.
Anh ta cũng kiến nghị tổ chức một cuộc họp báo lớn giữa Iva Toguri và 300 phóng viên khác. Iva không hề biết mưu đồ đen tối của Brundidge, cô đồng ý gặp gỡ cánh phóng viên ở khách sạn Yokohama Bund. Cô trả lời phỏng vấn của các báo Yank và Stars & Stripes và dựng lại một buổi phát thanh chương trình “Ann mồ côi” cho hãng phim thời sự của Mỹ.
Iva nghĩ rằng “Bông hồng Tokyo” là người được lính Mỹ mến mộ, như mục đích từ trước đến nay của cô khi thực hiện chương trình “Ann mồ côi”. Nên cô vui vẻ trả lời mọi câu hỏi Phòng phản gián quân đoàn 8 đặt ra mà không mảy may biết rằng, mình sắp bị bắt vì tội phản bội đất nước.
Iva bị bắt vì tội phản bội Tổ quốc được thông tin rộng rãi cho công chúng, nhưng bản thân Iva chưa bao giờ được thông báo lý do tại sao cô lại bị bắt giam.
Ngày 17/10/1945, trong lúc Iva Toguri d’Aquino đang gội đầu thì sĩ quan của Phòng phản gián quân đoàn 8 đến căn hộ của cô ở Setagaya, và yêu cầu cô đi theo họ đến Yokohama để làm rõ thêm một số vấn đề. Họ nói cô nên mang theo khăn mặt và đồ dùng vệ sinh cá nhân vì có thể cô phải ở qua đêm.
Khi đến Sở chỉ huy quân đoàn 8, cô mới nhận được thông báo là bị bắt mà không hề có lệnh và cáo buộc gì. Vụ Iva bị bắt vì tội phản bội Tổ quốc được thông tin rộng rãi cho công chúng, nhưng bản thân Iva chưa bao giờ được thông báo lý do tại sao cô lại bị bắt giam.
Một tháng sau, cô được chuyển đến nhà tù Sugamo và bị giam trong xà lim đặc biệt - nơi giam cầm các nhà ngoại giao và phụ nữ phạm tội ác chiến tranh. Trong hơn 11 tháng tiếp theo, cô bị nhốt trong xà lim và chỉ được tiếp xúc với Felipe 20 phút mỗi tháng và ba ngày được tắm một lần.
Cũng trong thời gian này, Thiếu tá Cousens bị quân đội Úc đưa ra xét xử và không bị buộc tội phản quốc dù đã làm việc cho phát xít Nhật. Anh trở lại làm việc ở Đài Phát thanh Sydney. Đại úy Ince không chỉ được xóa hết mọi tội lỗi mà còn được thăng quân hàm Thiếu tá.
Trong khi đó, Iva bị thẩm vấn bởi bộ phận phản gián của lục quân và FBI. Dường như không cơ quan nào tin vào bất kỳ điều gì cô khai với họ. Tuy nhiên, mọi chứng cứ cho thấy “Bông hồng Tokyo” là một nhân vật tạo dựng và Iva không làm điều gì bị coi là phản bội Tổ quốc.
Vào lúc 11h sáng ngày 25/10/1946, Iva được thả “vô điều kiện” khỏi nhà tù Sugamo, nhưng cô không được phép rời nhà tù trước 7 giờ tối hôm đó. Một đám phóng viên của các hãng tin Reuters, INS, AP, UPI, Domei, Tass, Úc và Pháp đang đợi ở cổng để chụp những tấm hình về “Bông hồng Tokyo” nổi tiếng.
Vào lúc 11h sáng ngày 25/10/1946, Iva được thả “vô điều kiện” khỏi nhà tù Sugamo
Lúc này, chỉ huy trưởng nhà tù Sugamo, Đại tá Hardy tặng cô một bó hoa cúc vạn thọ và cùng hai người lính hộ tống cô vượt qua đám phóng viên để bước lên chiếc xe Jeep đang nổ máy đợi sẵn. Tổng cộng, Iva bị giam cầm một năm, một tuần và một ngày trong nhà tù quân sự mà không một lần bị cáo buộc tội danh gì.
Iva và Felipe che giấu danh phận trong một khoảng thời gian, sau đó cô xin cấp hộ chiếu để về nước. Nhưng lại một lần nữa, cô bị mắc kẹt ở Nhật Bản bởi thiếu giấy tờ.
Năm 1947, Iva mang thai và thề rằng, đứa con của cô sẽ được sinh ở Mỹ. Nhưng vào tháng 1/1948, đứa bé chết ngay khi vừa mới sinh ra. Đây có thể là hậu quả của những vất vả mà cô đã phải trải qua trong thời gian bị cầm tù. Tuy nhiên, “giông bão” cuộc đời vẫn chưa chịu dừng lại với cô.