Hoạt động của Grace ngày càng ảnh hưởng nghiêm trọng đến việc buôn bán của người Anh. Đối mặt với thực tế này, người Anh quyết định ngăn bước tiến của Grace bằng cách đánh bại và bắt giữ cô.
Sau khi lên kế hoạch, binh lính Anh từ Galway nhanh chóng tấn công lâu đài của Grace. Lúc đó, lâu đài của Grace không có nhiều người và họ đối mặt với tình thế khó khăn. Không cam chịu đầu hàng, Grace đã ra lệnh gỡ mái lâu đài bằng chì rồi đun chảy. Cô cũng cử một người theo đường hầm ngầm đi cầu cứu.
Lúc này, người trong lâu đài bắt đầu đổ chì nóng chảy xuống đầu binh lính Anh. Quân Anh nhanh chóng rút lui để củng cố lực lượng. Nhờ đó, Grace có thời gian để trốn khỏi lâu đài và tới các con tàu đang đợi sẵn. Họ ra ngoài biển hợp lực cùng với quân tiếp viện Ailen. Khi quay về lâu đài, Grace đã chỉ huy người của mình đánh bại quân Anh.
Năm 1574, người Anh lại tiếp tục cử đại úy William Martin vượt biển đi bắt Grace. Họ bao vây toàn bộ lâu đài Rockfleet cả trên đường bộ và đường biển trong vài ngày liền. Nhưng Grace không phải là người dễ khuất phục. Bằng sức mạnh tinh thần thép của mình, cô đã tổ chức phản công chống lại quân Anh. Cuộc tấn công bất ngờ và tinh khôn khiến Martin và quân Anh phải tháo chạy.
Bằng sức mạnh tinh thần thép của mình, cô đã tổ chức phản công chống lại quân Anh.
Trong lúc Grace đang chiến đấu kiên cường với quân Anh, thì liên minh ba bộ tộc Burke, O'Malley và O'Flaherty đã họp mặt với ông Henry Sidney - lãnh chúa Ailen. Và cuối cùng họ quyết định quy phục người Anh, thề trung thành với Hoàng gia Anh. Grace O’Malley biết rằng, việc người Anh bắt hoặc giết mình chỉ còn là vấn đề thời gian.
Cô đành miễn cưỡng gặp người Anh với thái độ phục tùng và cam kết trung thành với hoàng gia. Nhưng Grace vẫn không có ý định ngừng hoạt động trên biển.
Năm 1577, Grace bất ngờ bị bá tước vùng Desmond bắt giữ, sau đó cô bị tòa án kết án 18 tháng tù. Sau khi được phóng thích, Grace quay trở về Connaught và ẩn danh một thời gian ngắn.
Năm 1584, khi nữ hoàng cướp biển đã 54 tuổi, bà trở lại với nghề đi biển. Lúc này, các con của bà đã trưởng thành. Cô con gái Margaret đã ổn định với một cuộc hôn nhân trong bộ tộc. Còn ba cậu con trai Owen, Murrough và Theobald lúc nào cũng sát cánh ngoài biển cùng mẹ.
Grace hiểu rằng, cướp biển là cách duy nhất bà có thể đóng góp cho bộ tộc trong tình thế lúc bấy giờ: Tây Ban Nha và Anh đang hằm hè và chiến tranh chỉ còn là chuyện một sớm một chiều.
Vào thời kỳ biến động này, Richard Bingham trở thành tỉnh trưởng tỉnh Connaught. Ông ta không hề yêu mến gì Ailen và muốn cai trị khu vực này theo kiểu của người Anh.
Bingham được giao nhiệm vụ lập lại trật tự và chủ quyền cho vùng đất lắm rắc rối này. Ông cũng đề ra một mục tiêu cá nhân là đảm bảo mang Grace O’Malley ra trước pháp luật vì tội làm cướp biển.
Bingham làm mọi việc có thể để khiến cuộc đời Grace khốn khổ. Ông đã tịch thu một số tàu của Grace, bắt giữ con trai út Theobald của Grace làm con tin. Ông ta cũng bắt cả Grace và ném bà vào ngục tối, chuẩn bị cho bà một giá treo cổ.
Nhưng trong khi chờ bị hành hình, Grace giành được tự do nhờ cuộc dàn xếp trao đổi con tin giữa các tộc trưởng và ông Bingham
Tuy nhiên, Murrough O’Flaherty - con trai thứ hai của Grace đã hợp lực với Bingham chống lại mẹ. Grace tức giận đến mức tấn công và đốt cháy toàn bộ thị trấn nơi con trai bà sống. Bingham cũng trả đũa bằng cách tịch thu nhiều tài sản của Grace và bỏ tù con trai út Theobald vì tội phản quốc. Còn con trai cả Owen bị anh trai Bingham bắt làm con tin. Khi bị giam cầm, Owen đã bị giết hại dã man.
Grace quyết định nhờ đến Nữ hoàng Elizabeth I
Hành động của Bingham đã thổi bùng lên vô số cuộc nổi loạn. Lúc này, Grace chỉ còn rất ít tài sản. Bà đã bị Bingham đẩy vào cảnh cơ cực. Cuộc đời của bà giờ rất khó khăn và đầy oán hận. Bà bỏ ra nhiều năm để đòi lại của cải nhưng liên tục bị Bingham cản trở. Không thể giao thương trên biển hay đất liền, Grace ngày càng căm hận Bingham. Bà phải tìm mọi cách để có thu nhập cho bản thân và người của bộ tộc.
Grace quyết định nhờ đến Nữ hoàng Elizabeth I. Bà gửi thư kiến nghị và cầu xin nữ hoàng. Trong thư, bà trình bày tình cảnh khó khăn của mình và cam kết nếu có thể giành lại được quyền lực và tài sản, bà và các bộ tộc sẽ dành cả cuộc đời để chiến đấu với mọi kẻ thù của nữ hoàng.
Nữ hoàng Elizabeth vốn biết danh tiếng của Grace từ lâu, rất ngạc nhiên trước lời đề nghị táo bạo của nữ cướp biển Grace và trả lời bằng một danh sách 18 câu hỏi. Grace còn ngạc nhiên hơn và khiến nữ hoàng tò mò khi gửi lại những câu trả lời thông minh, sắc sảo. Tuy nhiên, liên lạc thư từ không làm Grace thỏa mãn. Bà dong buồm tới Anh và tìm gặp nữ hoàng.
Grace tới lâu đài Greenwich và đòi trình diện nữ hoàng. Thay vì bị bắt và hành hình vì thái độ liều lĩnh, bà đã được nữ hoàng mời tới phòng riêng. Tới tận ngày nay, không ai biết chính xác Nữ hoàng Elizabeth I và nữ hoàng cướp biển Grace O’Malley đã trao đổi với nhau những gì đằng sau cánh cửa đóng kín.
Lịch sử ghi nhận Grace O’Malley là một "nữ hoàng của biển cả"
Sau cuộc trao đổi đó, Bingham được lệnh thả con trai út của Grace. Theobald và mẹ nhanh chóng quay về Connaught. Đồng thời, họ cũng được trả lại đất đai và tài sản. Hai năm sau, Bingham bị hất cẳng khỏi vị trí trong sự xấu hổ. Grace tiếp tục vai trò tộc trưởng bộ tộc O’Malley. Năm 1603, bà qua đời tại lâu đài Rockfleet ở tuổi 73. Thi thể bà được chôn cất tại tu viện trên đảo Clare.
Bà đã kết thúc cuộc đời phiêu lưu sóng gió của mình một cách trọn vẹn. Lịch sử ghi nhận Grace O’Malley là một "nữ hoàng của biển cả", với tầm nhìn và tài năng lãnh đạo không ai có thể vượt qua.