Lộ trình chuyển đổi từ chế độ thuế khoán sang tự kê khai đối với hộ kinh doanh được đề xuất kéo dài 5 năm và chia thành 3 giai đoạn.
Tại biên bản tổng hợp ý kiến góp ý cho Hồ sơ chính sách của Dự án Luật Quản lý thuế (thay thế), Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam đề xuất triển khai lộ trình chuyển đổi từ chế độ thuế khoán sang tự kê khai đối với hộ kinh doanh trong vòng 5 năm với 3 giai đoạn.
Ở giai đoạn đầu (năm 1-2), trọng tâm là chuẩn bị nền tảng kỹ thuật và triển khai thí điểm. Chính vì vậy, Nhà nước cần hoàn thiện khung hành lang pháp lý, đồng thời cung cấp phần mềm kế toán đơn giản và hóa đơn điện từ miễn phí, tổ chức các lớp tập huấn kỹ năng ghi chép sổ sách và kê khai thuế cho hộ kinh doanh nhỏ.
Ngoài ra, Viện đề nghị Nhà nước hỗ trợ miễn phí phần mềm, chi phí thiết bị đầu vào (máy tính bảng, mạng internet) và trợ cấp chi phí đào tạo cho các hộ ở vùng sâu, vùng xa trong giai đoạn đầu triển khai.
Sang giai đoạn hai (năm 2-4), dự kiến mở rộng áp dụng thuế kê khai bắt buộc với các hộ có doanh thu ở mức nhất định nhưng cần đi kèm các ưu đãi thuế tạm thời như (i) giảm 20-30% thuế trong năm đầu, (ii) hỗ trợ chi phí thuê kế toán và tiếp cận tín dụng vi mô ưu đãi.
Về mặt kỹ thuật, theo Viện Hàn lâm Khoa học Xã hội Việt Nam, cần nâng cấp hệ thống quản lý thuế tại địa phương, tích hợp nền tảng kê khai - thanh toán - nộp thuế và tiếp tục đào tạo kỹ năng tài chính - số cho hộ kinh doanh,
Giai đoạn ba (năm 4-5) là giai đoạn chuẩn hóa và kết thúc hoàn toàn chế độ thuế khoán trên toàn quốc.
Bước sang giai đoạn này, hộ kinh doanh sẽ được tích hợp vào hệ thống quản lý thuế quốc gia như các doanh nghiệp nhỏ, cũng như được hỗ trợ công cụ kế toán điện tử tự động và tiếp tục hưởng ưu đãi thuế khi chuyển đổi sang mô hình doanh nghiệp.
Bên cạnh lộ trình chuyển đổi thuế khoán sang tự kê khai, Viện đề nghị Nhà nước cần hỗ trợ tài chính cho các hộ ở vùng khó khăn trong quá trình chuyển đổi, cũng như thúc đẩy chính sách bảo hiểm xã hội, tín dụng, đào tạo lao động cho các hộ đã chính thức hóa.