Từ ngày đầu thành lập, trải qua các giai đoạn phát triển, cùng với quá trình củng cố, xây dựng lực lượng, Cục Chính trị Hải quân đã luôn nêu cao vai trò, trách nhiệm, quán triệt, thực hiện tốt chức năng tham mưu, chỉ đạo, hướng dẫn tổ chức hoạt động Công tác đảng, Công tác Chính trị. Từ đó, góp phần giữ vững sự lãnh đạo của Đảng, định hướng chính trị trong xây dựng và thực hiện nhiệm vụ của Quân chủng Hải quân.
Sau thắng lợi của cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược, để quản lý, bảo vệ vùng biển miền Bắc mới giải phóng, ngày 7/5/1955, Bộ Quốc phòng ra quyết định thành lập Cục Phòng thủ bờ bể (tiền thân của Hải quân Nhân dân Việt Nam ngày nay).
Trong bước phát triển mới, đến ngày 24/1/1959, Bộ Quốc phòng - Tổng Tư lệnh ra Nghị định số 320/NĐ-A, thành lập Cục Hải quân trên cơ sở Cục Phòng thủ bờ bể. Ngày 24/1/1959 trở thành ngày truyền thống của Phòng Chính trị Hải quân và Cục Chính trị Hải quân ngày nay.
Trước yêu cầu nhiệm vụ trong giai đoạn mới, ngày 3/1/1964, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ra Quyết định nâng cấp Cục Hải quân thành Bộ Tư lệnh Hải quân.
Từ ngày đầu thành lập, trải qua các giai đoạn phát triển, cùng với quá trình củng cố, xây dựng lực lượng, Cục Chính trị Hải quân đã luôn nêu cao vai trò, trách nhiệm, quán triệt, thực hiện tốt chức năng tham mưu, chỉ đạo, hướng dẫn tổ chức hoạt động Công tác đảng, Công tác Chính trị (CTĐ, CTCT), góp phần giữ vững sự lãnh đạo của Đảng, định hướng chính trị trong xây dựng và thực hiện nhiệm vụ của Quân chủng Hải quân.
Với tinh thần dám đánh, biết đánh và quyết đánh thắng giặc Mỹ xâm lược, Hải quân Nhân dân Việt Nam non trẻ đã làm nên Chiến thắng trận đầu ngày 2 và 5/8/1964, góp phần đánh thắng chiến tranh leo thang phá hoại miền Bắc của đế quốc Mỹ.
Với quyết tâm “Đánh địch mà đi, mở luồng mà tiến”, cán bộ, chiến sĩ Hải quân là lực lượng cảm tử đi đầu, nòng cốt và trực tiếp phát hiện, tháo gỡ tìm ra tính năng, chế tạo thiết bị rà phá; làm mất hiệu lực hàng ngàn quả thủy lôi, bom từ trường; mở tuyến, thông luồng nối liền mạch máu giao thông sông, biển từ hậu phương lớn miền Bắc đến tiền tuyến lớn miền Nam.
Đó là ý chí, tinh thần “Tất cả cho tiền tuyến”, chấp nhận mọi hy sinh, gian khổ của cán bộ, thủy thủ Đoàn tàu Không số, anh dũng, mưu trí vượt qua giông, bão và sự bao vây, phong tỏa gắt gao của địch mở con đường biển huyền thoại Hồ Chí Minh, chi viện đắc lực cho chiến trường miền Nam.
Là những Yết Kiêu thời đại Hồ Chí Minh, Đặc công Hải quân đã sáng tác cách đánh độc đáo “luồn sâu, đánh hiểm, thắng lớn” tiến công địch trên chiến trường Cửa Việt - Đông Hà, đánh chìm, đánh hỏng, phá hủy nhiều phương tiện chiến tranh, tiêu diệt nhiều sinh lực địch, làm nên những chiến thắng vang dội.
Trong cuộc Tổng tiến công và nổi dậy mùa Xuân năm 1975, Cục Chính trị đã chủ động tham mưu, chỉ đạo, hướng dẫn triển khai hiệu quả hoạt động CTĐ, CTCT cho các lực lượng, làm tốt công tác chính trị tư tưởng, động viên cán bộ, chiến sĩ tham gia chiến đấu, tiếp quản các căn cứ hải quân địch, ngăn chặn địch rút chạy theo hướng biển đồng thời chớp thời cơ tiến công giải phóng quần đảo Trường Sa, các đảo vùng biển Tây Nam, góp phần vào thắng lợi vĩ đại, trọn vẹn của dân tộc.
Quán triệt tư tưởng “Giúp bạn là tự giúp mình”, trong cuộc chiến bảo vệ biên giới Tây Nam và cứu giúp nhân dân Cam-pu-chia thoát khỏi họa diệt chủng, giúp bạn giành độc lập và hồi sinh đất nước Chùa Tháp.
Thực hiện nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền biển, đảo của Tổ quốc và xây dựng Hải quân Nhân dân Việt Nam cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, hiện đại, Cục Chính trị đã bám sát tình hình, nhiệm vụ của Quân chủng, chủ động, nhạy bén, sáng tạo, tham mưu, đề xuất với Đảng ủy, Bộ Tư lệnh Quân chủng nhiều chủ trương, quyết sách xây dựng Quân chủng vững mạnh về chính trị, nâng cao chất lượng tổng hợp và sức mạnh chiến đấu, bảo vệ vững chắc chủ quyền các vùng biển, đảo của Tổ quốc.
Trải qua 65 năm xây dựng, chiến đấu, chiến thắng, trưởng thành, các thế hệ cán bộ, nhân viên, chiến sĩ của Cục Chính trị Hải quân luôn tỏ rõ bản lĩnh chính trị vững vàng, tuyệt đối trung thành với Tổ quốc, với Đảng, Nhà nước và Nhân dân; bám sát cơ sở và hoạt động của bộ đội, thực hiện tốt chức năng tham mưu và trực tiếp chỉ đạo, hướng dẫn triển khai hoạt động CTĐ, CTCT toàn diện, hiệu quả, xứng đáng với vai trò là linh hồn, mạch sống của Quân chủng, góp phần xây đắp nên truyền thống vẻ vang: “Trung thành, kiên định; Đoàn kết, gương mẫu; Chủ động, sáng tạo; Hoàn thành tốt nhiệm vụ”.
Trong giai đoạn mới, Cục Chính trị xác định tập trung thực hiện tốt một số giải pháp trọng tâm, chủ yếu:
Một là, tiếp tục tập trung nâng cao nhận thức, trách nhiệm của cấp ủy, chỉ huy và cán bộ, chiến sĩ các cơ quan, đơn vị Cục Chính trị về vị trí, vai trò, chức năng, nhiệm vụ trong giai đoạn mới; phát huy truyền thống, vai trò trách nhiệm cao nhất xây dựng Cục Chính trị và thực hiện nhiệm vụ chính trị được giao.
Tập trung xây dựng đội ngũ cán bộ, chiến sĩ, nhất là cán bộ, nhân viên luôn có bản lĩnh chính trị vững vàng, phẩm chất đạo đức trong sáng, yêu ngành nghề, yêu đơn vị, quyết tâm phấn đấu thực hiện tốt mọi nhiệm vụ được giao.
Mỗi cán bộ, đảng viên, quần chúng Cục Chính trị phải thực sự tiên phong về chính trị, tư tưởng, trung thành tuyệt đối với Đảng, Tổ quốc và Nhân dân; kiên định mục tiêu, lý tưởng cách mạng; nêu cao tinh thần đoàn kết, thống nhất về ý chí và hành động, gương mẫu trong suy nghĩ, lời nói và việc làm.
Hai là, tập trung củng cố, kiện toàn tổ chức theo hướng tinh, gọn, mạnh hiện đại, đáp ứng yêu cầu xây dựng và thực hiện nhiệm vụ của Quân chủng trong tình hình mới.
Tiếp tục củng cố, kiện toàn tổ chức, biên chế cơ quan Cục Chính trị, các phòng, cơ quan chức năng và các đơn vị trực thuộc theo hướng tinh, gọn về tổ chức, biên chế; phù hợp với đặc điểm, tính chất, yêu cầu nhiệm vụ của Quân chủng trong giai đoạn mới; phát huy cao nhất vai trò xây dựng Quân chủng vững mạnh về chính trị.
Xây dựng đội ngũ cán bộ chủ trì, chủ chốt và trợ lý đầu ngành có đủ số lượng, chất lượng cao; có tư duy lãnh đạo, tham mưu đề xuất sắc sảo ở lĩnh vực được đảm nhiệm; có kiến thức toàn diện, thuần thục chuyên môn, nghiệp vụ; có kỹ năng, kinh nghiệm hoạt động thực tiễn, có đủ tâm, tầm, trí đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ được giao.
Ba là, đặc biệt quan tâm nâng cao phẩm chất, năng lực đội ngũ cán bộ chủ trì, chủ chốt và trợ lý đầu ngành các cơ quan nghiệp vụ Cục Chính trị ngang tầm yêu cầu nhiệm vụ.
Cần phải đổi mới tư duy trong quy hoạch cán bộ cơ quan Cục Chính trị, chú trọng quy hoạch theo hướng dọc, kết hợp luân chuyển tạo nguồn giữa cơ quan và đơn vị phù hợp chuẩn chức danh đội ngũ cán bộ chủ trì và trợ lý các ngành nghiệp vụ.
Coi trọng trình độ nhận thức, kiến thức, kỹ năng, kinh nghiệm chuyên môn, nghiệp vụ CTĐ, CTCT, nhất là kỹ năng, kinh nghiệm quán triệt, chỉ đạo, nắm bắt thực tiễn cơ sở để cụ thể hóa, tham mưu, đề xuất và chỉ đạo, hướng dẫn, tổ chức thực hiện theo từng ngành nghiệp vụ.
Bốn là, tiếp tục đổi mới phương pháp, phong cách, tác phong công tác của cán bộ, nhân viên, cơ quan, đơn vị phù hợp với yêu cầu xây dựng Quân chủng tinh, gọn, mạnh, cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, hiện đại.
Tập trung đổi mới phương pháp, tác phong nghiên cứu, quán triệt, liên hệ sát thực tiễn của Quân chủng và đơn vị. Xác định đúng, trúng những nội dung cần triển khai, tập trung tháo gỡ; tham mưu, đề xuất các chủ trương, giải pháp thiết thực, kịp thời, hiệu quả.
Năm là, phát huy truyền thống, đẩy mạnh phong trào thi đua quyết thắng hướng vào xây dựng cơ quan, đơn vị và toàn Cục VMTD mẫu mực, tiêu biểu gắn với xây dựng các cấp ủy, tổ chức đảng và Đảng bộ Cục TSVM tiêu biểu, xứng đáng với niềm tin yêu của Đảng ủy, Bộ Tư lệnh và cán bộ, chiến sĩ toàn Quân chủng.
Cục Chính trị được Đảng, Nhà nước tặng thưởng 1 Huân chương Quân công hạng Nhì (năm 1984); 1 Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Nhất (năm 2013); 1 Huân chương Chiến công hạng Nhì (năm 1983); 1 Huân chương Chiến công hạng Ba (năm 2005); 2 Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Nhì (năm 2007 và 2023); 1 Huân chương Lao động hạng Ba (năm 2005); danh hiệu Đơn vị Anh hùng LLVT nhân dân thời kỳ kháng chiến chống Mỹ cứu nước (năm 2014).