Dù được nhắc nhở tàu hỏa sắp đến, nam thanh niên vẫn cố tình vượt qua lối đi tự mở dẫn đến vụ tai nạn.
Theo thông tin ban đầu, vào khoảng 19h23 tối 24/5, đoàn tàu khách SE3 máy D19E-910 kéo khi đi đến lối đi tự mở thuộc ngõ Hoàng An, phố Lê Duẩn, Đống Đa (Km1+550 thuộc khu gian Hà Nội - Giáp Bát) thì xảy ra tai nạn với người điều khiển xe máy băng qua đường sắt.
Tại hiện trường, tổ tàu kiểm tra phát hiện một nạn nhân nam bị đa chấn thương nằm trong lòng đường sắt, dưới gầm toa xe và một xe máy mang BKS 35N1-512.51 bị hư hỏng hoàn toàn nằm trong gầm đầu máy.
Để đoàn tàu tiếp tục khởi hành theo lộ trình, tổ tàu đã cử bảo vệ và nhân viên ở lại đưa nạn nhân đi cấp cứu và tiếp tục phối hợp với cơ quan chức năng giải quyết vụ việc theo quy định. Tàu SSE3 chạy lại lúc 19h47 phút cùng ngày.