Tại phiên tòa bị cáo Hùng cho rằng mình bị oan nên không nhận cáo trạng do viện kiểm sát tống đạt.
Ngày 16/8, TAND tỉnh Khánh Hòa đã mở phiên tòa đưa cựu cán bộ thanh tra Nguyễn Mạnh Hà, 37 tuổi, nguyên cán bộ Cục Giải quyết khiếu nại - tố cáo và thanh tra khu vực II thuộc Thanh tra Chính phủ và Trần Anh Hùng, 55 tuổi, Giám đốc Công ty cổ phần Thương mại dịch vụ hàng hải Tam Đảo ở TP Nha Trang ra xét xử về tội cố ý làm lộ bí mật Nhà nước. Sau khi kết thúc thẩm vấn chuyển qua phần tranh luận vị đại diện viện kiểm sát giữ quyền công tố tại phiên tòa đã đề nghị xử phạt Hà từ 4 đến 5 năm tù, Hùng từ 5 đến 6 năm tù.
Theo cáo trạng, ngày 18/6/2010, tổng Thanh tra Chính phủ ban hành quyết định thành lập đoàn thanh tra để kiểm tra, xác minh nội dung tố cáo, khiếu nại của công dân đối với dự án Khu đô thị mới Phước Long (P.Phước Long, TP Nha Trang). Khi đoàn thanh tra làm xong dự thảo báo cáo kết luận thanh tra vụ việc (thuộc danh mục tài liệu mật của Nhà nước) trong đó có đề cập một số sai phạm của cán bộ ở địa phương. Trong lúc chờ ý kiến đóng góp của các thành viên trong đoàn thanh tra và người có thẩm quyền xem xét, chỉnh sửa, ngày 28/10/2011, Nguyễn Mạnh Hà đã lấy bản dự thảo kết luận thanh tra gửi từ Hà Nội vào Nha Trang cho Trần Anh Hùng.
Sau đó ông Hùng photocopy phát tán bản dự thảo cho nhiều người, không ít đối tượng tranh thủ trích dẫn nội dung bản dự thảo, gửi đơn tố cáo, vu khống một số cán bộ lãnh đạo tỉnh Khánh Hòa và TP Nha Trang, gây ảnh hưởng xấu đến tình hình an ninh trật tự ở địa phương.
Đến ngày 30/1/2011, Thanh tra Chính phủ mới ban hành kết luận thanh tra chính thức, trong đó có một số nội dung thay đổi so với bản dự thảo. Sau khi vào cuộc xác minh thu thập chứng cứ tài liệu có liên quan, cuối tháng 6/2012, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Khánh Hòa đã tống đạt quyết định khởi tố bị can và thi hành lệnh bắt tạm giam hai ông Hà và Hùng cùng về tội cố ý làm lộ bí mật Nhà nước.
Đối với Phạm Hùng – Thanh tra viên công tác tại Phòng 2, Cục II, TTCP làm mất tài liệu, có dấu hiệu vi phạm quy định tại điều 264 BLHS. Tuy nhiên, xét thấy Phạm Hùng có nhân thân tốt, trong quá trình điều tra đã thành khẩn khai báo, tích cực hợp tác với Cơ quan An ninh điều tra, đã bị TTCP xử lý kỷ luật Đảng viên, công chức với hình thức khiển trách; nên cơ quan An ninh điều tra thấy không cần thiết phải xử lý hình sự đối với Phạm Hùng. Còn đối với một số người được Hùng đưa xem bản thảo, xét mức độ chỉ cần xử lý kỷ luật nên Cơ quan An ninh điều tra không tiến hành khởi tố xử lý.
Tại phiên tòa bị cáo Hùng cho rằng mình bị oan nên không nhận cáo trạng do viện kiểm sát tống đạt. Bởi bị cáo không có tội, không phải là thành viên trong đoàn thanh tra, không phải là người có chức vụ quyền hạn, tài liệu mình nhận được không có trang đầu, trang cuối và cũng không có… dấu mật. Hơn nữa Hà chuyển cho thì dùng, chứ không ép để Hà gửi hoặc mua bằng tiền, bản dự thảo chỉ là bản nháp tự Hà gửi chứ Hùng không yêu cầu và cũng không quan tâm, tòa hỏi không quan tâm tại sao yêu cầu Hà gửi tiếp trang đầu và trang sau thì Hùng im lặng. Lúc này, tòa cho mời Hà lên thì Hà khai ngược lại hoàn toàn lời khai của Hùng. Tiếp đó, Hùng cũng cho biết sau đó có đưa bản dự thảo này cho Hoàng Minh Trí mượn xem 2 ngày và có bảo đây là tài liệu quan trọng không ngờ Trí phôtô phát tán cho nhiều người trong đó có Phạm Trung Kiên phòng Kinh tế - Ban Thời sự - Đài Truyền hình Việt Nam, Phùng Thế Dũng, phóng viên báo Văn Nghệ trẻ khu vực Nam Trung Bộ để nhờ làm phóng sự về dự án Phước Long…
Tòa hỏi bị cáo Hà tại sao gửi tài liệu vào cho Hùng lại dùng tên và địa chỉ người gửi giả, họ và tên lót người nhận giả, viết chữ với tự dạng khác thì Hà bảo sợ cơ quan kỹ luật. Tòa tiếp sợ kỹ luật sao gửi thì Hà bảo vì là chỗ anh em quan hệ mật thiết, hơn nữa nếu Hùng cẩn thận một tháng sau có kết luận chính thức sẽ không sao, bởi tài liệu này nếu lọt ra ngoài không những bị cáo mà anh Hùng cũng ảnh hưởng nên tin tưởng Hùng. Hà cũng cho biết lấy tài liệu này để tham khảo học cách làm chứ không “ăn cắp” vì dự thảo bao giờ cũng viết rất kỹ, khi hoàn thành bao giờ cũng cắt xén bớt, và lấy trước đó gần một tháng mới chuyển cho Hùng. Khi vụ việc vỡ lỡ, mới biết mình phạm tội và làm ảnh hưởng đến Thanh tra Chính phủ, cũng chỉ vì nể nang mà không nghỉ hậu quả xảy ra giờ thì hối hận. Mặc dù, quanh co không nhận tội nhưng khi tòa công bố lời khai của bị cáo Hùng tại cơ quan điều tra xong thì Hùng mới chịu nhận là lời khai tại cơ quan điều tra là đúng, tòa hỏi vậy tại sao từ sang tới giờ cứ lòng vòng vậy thì Hùng bảo có gì đâu lòng vòng... và vẫn cho rằng mình bị oan.
Luật sư bào chữa cho Hùng cũng cho rằng cáo trạng quy buộc Hùng là kẻ chủ mưu, xúi giục là chưa thỏa đáng, trong vụ án còn bỏ lọt đồng phạm là người làm mất tài liệu… và đề nghị tòa trả hồ sơ để điều tra làm rõ việc này vì trước đó tòa đã một lần trả hồ sơ đề nghị xử lý hành vi này nhưng không được viện kiểm sát làm rõ, do đó vị luật sư này tiếp tục đề nghị tòa xem xét trả hồ sơ để làm rõ cho công bằng, khách quan… Tuy nhiên, viện kiểm sát đã bác bỏ vấn đề này. Sau khi cho các bị cáo nói lời sau cùng tòa đã vào nghị án. Sáng 19-8 tòa sẽ tuyên án.