Amanda đã phải trải qua biết bao nỗi khốn khổ khi ở trong tù cũng như sự tuyệt vọng về tương lai phía trước.
Ngày 28/10/2008, Guede bạn trai cũ của Meredith, bị kết án 30 năm tù sau 1 phiên tòa xử nhanh chóng và bí mật. Nhưng 28/11/2009, một công tố viên người Italy đề nghị tòa tuyên án Amanda và Sollecito về tội Giết người và Hiếp dâm. Knox đã chỉ vào viên công tố và nói họ đang buộc tội tôi, một người trong sạch.
Cô nói trước tòa: “tôi rất sợ phải mang tiếng là 1 kẻ giết người. Tôi đã rất bối rối, buồn và tuyệt vọng vì thời gian trong tù quá lâu”. Dù phản kháng quyết liệt nhưng vào ngày 4/ 12/2009, Amanda và bạn trai vẫn bị kết án phạm tội Giết người và Hiếp dâm. Amanda bật khóc đau đớn khi biết mình bị phạt 26 năm tù giam, Sollecito lĩnh 25 năm tù giam.
Amanda trò chuyện với luật sư của mình sau khi được xử trắng án
Trong nhật ký của mình, Amanda thường nói tới những căng thẳng xảy ra trong tù. Nhiều khi cô bị bạn tù ghen ghét, vì những quan chức của Đại Sứ Quán thường xuyên tới thăm hỏi cô. Trong thời gian đầu cô mới bị bắt, những chuyến thăm đó đã giúp cô rất nhiều. Hay có những vị khách tới thăm, tặng sách, máy tính và những món quà giá trị cho cô.
Amanda cũng cho biết nhiều lần cô đã định tự tử, nhưng cô lại cố gắng hy vọng nhờ những người lính gác, các bạn tù khác. Một người phụ nữ bị giam cùng Amanda là Flores Innocenzia de Jesus, đã giúp đỡ cô rất nhiều trong giai đoạn khó khăn này. Jesus đánh giá rất cao về Amanda cô nói: “ Amanda rất vui tươi, thường kể cho mọi người nghe những kỷ niệm vui, về các sự kiện âm nhạc, lễ hội cô ấy từng tham gia. Cô đã giúp tìm kiếm các món hàng hiếm, mà trong tù khó lòng có được. Jesus còn nói: “cô ấy biết 1 số người ghen tức nhưng cô ấy rất thông minh, nên có thể hòa hợp với những người khác. Đặc biệt là những người đặc biệt ghen tức với cô ấy”.
Knox khẩn cầu sự khoan dung trước tòa. Cô nói việc kết án cô là 1 sai lầm vô cùng lớn và cuộc đời cô đã bị hủy hoại trong 3 năm tù vừa qua. Cuối 2010, Phiên tòa phúc thẩm bắt đầu. Vì Amanda kháng cáo với lý do bị cảnh sát đánh đập trong quá trình thẩm vấn. Tại phiên tòa, theo BBC, Knox trông rất mệt mỏi còn Sollcieto lại bình thản hơn.
Ngày 3/10/2011, tại phiên xử của Tòa Kháng Cáo Peruga Miền Trung Italy, tòa đã bác bỏ bằng chứng về DNA được dùng để chống lại đôi tình nhân. Những bằng chứng này chưa đủ để chứng minh sự phạm tội của 2 bị cáo. Và trong phần tự bào chữa Amanda cho rằng cô không giết chết cô bạn cùng phòng người Anh. Đồng thời cô bị cánh sát Italy lừa gạt.
Bật khóc sung sướng
Vậy là sau 4 năm tù oan, Amanda và Sollcieto đã được tòa tuyên trắng án. Mọi người trong phòng xử òa lên sung sướng. Amanda ngập tràn trong nước mắt vì sung sướng còn Sollcieto vẫn có vẻ choáng váng vì hạnh phúc không dám tưởng. Trong cuộc trả lời phỏng vấn bằng tiếng Italy Amanda nói: “Tôi không phải là người như họ nói”. Còn Sollcieto bảo anh ta vẫn trong cơn ác mộng, anh ta chưa thức giấc hoàn toàn.
Sau khi Amanda được tuyên trắng án, gia đình nạn nhân Kercher nói họ không hiểu nổi tại sao, phán quyết ban đầu lại có thể bị đảo ngược hoàn toàn. Tuy nhiên, gia đình của Knox đã nói: “Chúng tôi vẫn tin ở hệ thống công lý Italy và hy vọng sự thật cuối cùng sẽ được phơi bày”.
Khi ở trong tù, Amanda đã viết một bức thư gửi cho bố mẹ cua Kercher rằng: “Cháu không phải là người giết hại con gái bác. Cháu rất tiếc vì nỗi mất mát này, và rất buồn vì giờ này mới có thể nói ra điều đó. Cháu cũng có gia đình và hiểu được nỗi đau lớn lao mà mọi người phải chịu. Trong một thời gian ngắn, Kercher cũng đã gắn bó và đối xử tốt với cháu. Cháu luôn nghĩ về cô ấy mỗi ngày”.
Nhưng luật sư bào chữa cho Amanda khuyên cô không nên làm như thế. Vì vậy bức thư không được gửi đến nhà Kercher. Trên 1 tờ tạp chí của Hoa kỳ, Amanda nói cô hi vọng gia đình nhà Kercher sẽ đọc được cuốn sách của cô.