Iva được đưa về Mỹ trên một con tàu chở quân. Nhưng ngay sau đó, cô lại bị giam giữ tại Trại cải tạo liên bang dành cho phạm nhân nữ ở Alderson, bang Virginia, một cơ sở nhỏ ở vùng núi Allegheny, nơi giam giữ từ 300 - 500 tù nhân.
Sau khi trở về Mỹ, Harry Brundidge - lúc đó đang làm việc cho Nashville Tennessean, đã yêu cầu Bộ Tư pháp Mỹ hỗ trợ mình và cựu đặc vụ FBI John B. Hogan, luật sư của Bộ Tư pháp Mỹ, thu hồi các trang tài liệu ghi lại cuộc phỏng vấn “Bông hồng Tokyo” và bắt Iva Toguri ký nhận vào đó.
Chỉ chờ có thế, anh ta trở lại Nhật Bản ngay. Lúc này, Iva đang đau đớn vì mất đi đứa con trai đầu lòng. Vì thế, cô không quan tâm đến chuyện gì sẽ xảy ra và chỉ muốn được quay trở lại nước Mỹ, nên cô đã đặt bút ký ngay vào tài liệu đó.
Hai tháng sau khi về nước, Brundidge cho đăng một loạt bài dài 10 kỳ. Phần đầu có tựa đề “Bông hồng Tokyo” thừa nhận đã “bán mình”.
Ba tháng sau, Iva bị bắt lại tại căn hộ của cô ở Ikejiri với cáo buộc “có hành vi phản bội chính quyền Mỹ” trong thời kỳ Thế Chiến II. Cô được đưa về Mỹ trên một con tàu chở quân. Viên chưởng lý Tom Clark tuyên bố rằng, Iva Toguri d’Aquino sẽ bị đưa ra xét xử, vì tội phản quốc tại tòa án quận 12 thành phố San Francisco.
Trong 9 tháng sau đó, Iva bị giam tại nhà tù quận San Francisco để chờ ngày ra tòa mà không được đóng tiền bảo lãnh. Muốn làm việc gì đó cho quên thời gian, Iva xin phụ giúp việc chuẩn bị bữa sáng, bữa tối và dọn bàn ăn trong nhà tù. Cô còn làm nhân viên đánh máy trong văn phòng cảnh sát trưởng vào các ngày trong tuần từ 8 giờ sáng đến 4 giờ chiều và thêu thùa trong lúc rảnh rỗi từ 6 đến 9 giờ tối.
Iva trong phiên tòa thế kỷ
Vào đầu năm 1949, phiên tòa xét xử Iva bắt đầu và nó được diễn ra trong 13 tuần, tốn phí tới 750.000 USD tương đương với 9 triệu USD. Đây được coi là phiên tòa đắt nhất trong lịch sử nước Mỹ cho tới thời điểm đó.
Chính phủ triệu tập một đoàn nhân chứng đến từ Nhật Bản. Các nhân chứng sẽ được trả mọi chi phí cộng với 10 USD tiền tiêu vặt mỗi ngày. Số tiền này có thể giúp ích nhiều cho họ lúc quay về nước. Trong khi đó, luật sư do bố của Iva bỏ tiền ra thuê, lại chỉ có thể mang đến lời khai của các nhân chứng ở Nhật Bản. Đã thế, nhiều người trong số này đã bị FBI và bộ phận phản gián “viếng thăm” trước nên không có nhiều lời khai có lợi cho Iva.
Tuy vậy, phán quyết cuối cùng mà tòa đưa ra là Iva phạm tội ở duy nhất một điểm “Cô ta đã nói trên micrô về những thiệt hại của các con tàu”. Mức án thấp nhất có thể dành cho Iva là 5 năm tù giam và nộp phạt 5.000 USD, còn hình phạt cao nhất là tử hình.
Rốt cục, Iva bị kết án 10 năm tù và phải nộp phạt 10.000 USD. Vị quan tòa, người có con trai từng chiến đấu ở mặt trận Thái Bình Dương trong Thế Chiến II, sau này thú nhận với phóng viên Katherine Beebe Pinkham của hãng AP rằng, ngay từ đầu ông đã có thái độ thành kiến với Iva.
Ngày 4/11/1969, Iva Toguri nói với phóng viên Bill Kurtis của đài CBS rằng: “Xét xử ư? Nó kéo dài trong 13 tuần và chỉ có một đám nhân chứng chống tôi xuất hiện. Tôi chưa từng trông thấy họ, chưa bao giờ nghe nói về họ nhưng họ tự cho là quen biết tôi. Họ khai rằng đã chứng kiến các buổi phát thanh, đã nghe các buổi phát thanh. Đây là điều không tưởng bởi vì các tù binh chiến tranh bị canh gác và họ không thể vào được trong trường quay. Nhưng tất cả bọn họ đều khai rằng họ đã nghe thấy tôi đọc trong các chương trình phát thanh. Tôi nghĩ rằng, sau chiến tranh, họ được mời đến và đề nghị bố trí chỗ ở, cho ăn ba bữa mỗi ngày và một chuyến đi đến Mỹ nên vì thế nhiều người đã nhảy cẫng lên vì cơ hội này. Việc họ đưa ra chứng cứ gì đều chẳng quan trọng”.
Mỹ nợ cô một lời thừa nhận về lòng trung thành của “Bông hồng Tokyo”
Mặc dù bị xếp vào loại “tội phạm nổi tiếng”, cùng với danh tiếng của huyền thoại “Bông hồng Tokyo”, Iva sớm được đội ngũ quản lý của trại giam coi là một tù nhân mẫu mực, luôn vui vẻ và sẵn lòng giúp đỡ người khác. Do có thành tích tốt trong thời gian thụ án, cô được trả tự do sau 6 năm 2 tháng ngồi tù.
Khi bước ra khỏi nhà tù Alderson ngày 28/1/1956, cô nhận được lệnh trục xuất trở lại Nhật Bản. Luật sư bào chữa chính trong phiên tòa xét xử Iva, Wayne Mortimer Collins, đưa cô về nhà anh trong thời gian 2 năm đấu tranh chống lại lệnh trục xuất.
Vài năm sau đó, cựu vụ trưởng vụ Nhật Bản của hãng tin AP, Rex B. Gunn, trở thành nhà báo đầu tiên thay mặt Iva nói ra sự thật. Các lá đơn kiến nghị tha bổng đã lần lượt được đệ trình lên Chính phủ của các Tổng thống: Eisenhower năm 1954, Johnson vào năm 1968, và Nixon/Ford năm 1976. Ngày 19/1/1977, Tổng thống Gerald R. Ford ký lệnh tha bổng cho Iva như là hành động cuối cùng mà ông làm trước khi rời nhiệm sở.
Nước Mỹ không thể trả lại tám năm rưỡi mà Iva đã bị giam cầm ở Nhật Bản và Mỹ. Không chỉ vậy, nước Mỹ còn nợ cô một lời thừa nhận về lòng trung thành của “Bông hồng Tokyo”.